西配殿为寺院僧众举行佛事念诵的密教本尊殿，殿内供奉集密、胜乐、大威德三大本尊。除佛事活动外，暂不对信众开放。

北塔护国法轮寺可为信众修诵的佛事包括大威德金刚超度、般若波罗蜜多除障法、药师如来仪轨、白度母延寿仪轨、尊胜佛母仪轨、如来四百供禳解、狮面空行母回遮法、大白伞盖佛母除障仪轨、度母四曼荼罗仪轨、大供护法神、阎摩法王九供、阎摩法王六十朵玛供、毗沙门天王增财大供等，可于寺院功德组登记相关佛事。